查处申请的回复时间因不同情况而异，具体如下：
自然资源部门查处申请
根据《自然资源行政处罚办法》第十二条规定，自然资源部门应当在收到查处申请后十个工作日内决定是否立案。
举报后回复时间
侦查部门通常在1个月内向举报中心回复处理情况，3个月内回复查办结果。若情况复杂，可适当延长，但一般不超过3个月。
行政复议
根据《中华人民共和国行政复议法》第三十一条，行政复议机关应当自受理申请之日起六十日内作出行政复议决定，但情况复杂时，经行政复议机关负责人批准，可以适当延长，延长期限最多不超过三十日。
行政处罚告知受理
对行政处罚不服申请行政复议的，复议机关受理复议申请后，一般要在30天内作出决定。
检察院立案监督
检察院立案监督申请后，一般是在七天之内收到答复。
交管12123违章申诉
申诉审核时间一般在3-7个工作日，也有个别时间长的需要一个月左右。
城市管理综合行政执法局查处案件
查处案件需要3天，这3天内可以提出陈述和申辩，期满后，可以履行内部处罚审批程序，负责人同意后，即可下达处罚决定书。
综上所述，查处申请的回复时间从几天到几个月不等，具体取决于案件的复杂性和相关部门的工作效率。建议申请人在提交申请后耐心等待，并在法定期限内跟进案件的进展情况。
