处理违章建筑的部门主要包括：
建设主管部门
建设主管部门负责监管建筑工程的合规性，包括违章建筑的查处。业主或物业管理部门可以向当地的建设主管部门进行报告或举报。
城市管理部门
城市管理部门（如房管局、建委、城管大队等）负责城市范围内的违章建筑管理。业主或物业管理部门也可以通过这些部门进行报告或举报。
镇人民政府
镇人民政府负责村庄规划区内的违章建筑查处和管理。
城市管理综合执法部门
城市管理综合执法部门负责统筹协调、指导和监督全市违法建设查处工作，包括城市规划区内的违法建设查处和管理。
规划和自然资源部门
规划和自然资源部门按照职责分工，负责城市规划区内违法建设的查处和管理。
土地行政主管部门
县级以上人民政府土地行政主管部门负责违章建筑的管理，包括未申请或申请未获得批准而建成的建筑物。
综上所述，处理违章建筑的部门涉及多个层级和部门，具体职责如下：
建设主管部门和城市管理部门负责城市范围内的违章建筑查处。
镇人民政府负责村庄规划区内的违章建筑查处。
城市管理综合执法部门和规划和自然资源部门负责城市规划区内的违法建设查处。
土地行政主管部门负责未获得批准的建设用地的违章建筑管理。
建议业主或物业管理部门在发现违章建筑后，及时联系当地的建设主管部门、城市管理部门或镇人民政府进行报告或举报，以便相关部门能够及时介入并采取相应措施。
