面对配偶在婚内出轨并有了孩子的情况，可以采取以下措施：
协议离婚
如果双方均同意离婚，可以签订离婚协议书，并至民政部门办理离婚登记。
诉讼离婚
若一方要求离婚，可以向法院起诉离婚。法院审理离婚案件时，会进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
财产分割与损害赔偿
婚内出轨属于法律规定的感情破裂情形之一，无过错方可以向法院起诉离婚，并要求赔偿。法院判决离婚的可能性较大，且无过错方可以请求损害赔偿。
在财产分配方面，无过错方可以多分一些财产。
子女抚养与抚养费
小三所生的孩子为非婚生子女，享有与婚生子女同等的权利。不直接抚养孩子的一方需要支付相应的抚养费用，直至子女能独立生活为止。
收集证据
如果决定离婚，应收集相关证据，如出轨的聊天记录、共同生活的照片或视频、财产转移的相关线索等，以保护自己的权益。
咨询与调解
在决定离婚前，可以考虑与配偶进行深入的沟通，了解其想法和打算。如果双方愿意，也可以寻求婚姻咨询，尝试重建信任。
保护孩子的权益
无论选择何种方式处理，都应确保孩子的权益得到保障，包括抚养权、抚养费和生活费等方面。
通过以上措施，可以尽可能维护自己的合法权益，并确保孩子的利益得到妥善安排。
