增值税专用发票的认证期限主要依据两个文件的规定：
《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发〔2003〕17号）
该通知自2003年3月1日起施行，规定增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起 90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。
《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）
该通知自2010年1月1日起施行，规定增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起 180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
因此，根据上述规定，增值税专用发票的认证期限主要分为两个阶段：
2003年3月1日至2009年12月31日：认证期限为90日。
2010年1月1日至今：认证期限为180日。
建议企业及时完成增值税专用发票的认证，以确保进项税额能够顺利抵扣。
