政府合同的管理通常由市人民政府法制部门负责，具体职责包括参与、协助或指导重大政府合同的磋商、订立、履行及纠纷处理，对重大政府合同进行合法性审查，并及时出具审查意见，以及对一般政府合同进行备案。
此外，市政府办公室也负责全市政府合同的监督管理工作，特别是以市政府名义订立的合同。市、区县人民政府司法行政部门则负责对政府合同进行统一监督和指导，并采用专门机构审查和专家联合审查相结合的方式进行政府合同审查与管理。
市、区县人民政府的其他相关部门，如发改、财政、审计等部门，也会依照各自职能履行对政府合同的相关管理工作。
